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mit einem Programm über CGI angesprochen sollte das doch eigentlich "kein" Problem sein. In was Du das Programm schreibst, ist ja dann völlig gleich.
Java bietet übrigens für die serielle Schnittstelle ein API. Elegant ist es natürlich besonders dann, wenn Du es als Servlet laufen läßt :-)
Aus Java kann man natürlich auch Programme starten (in Perl auch).
Gruß
Michael