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Ich würde alle Class-Dateien die zum Applet gehören in ein JAR-File packen. Wichtig dabei ist nur, daß Klassen von Packages in einem Untervezeichnis (welche den Namen des packages trägt) sind. Dann packst Du alles komplett mit Unterverzeichnisstruktur in eine JAR-Datei.
Um jetzt noch den Browser zu sagen, wo die JAR-Datei ist, musst Du in der ausrufenden HTML-Seite im <APPLET>-Tag im Attribut archiv die entsprechende URL angeben, wo die JAR-Datei zu finden ist.
Könnte übrigens sein, daß der IE keine JAR-Dateien unterstützt. Indem Falle wäre es besser, die Klassen "lose" in der Verzeichnisstruktur zu lassen und nicht zu packen.
Gruß
Michael