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PHP - genau wie ASP oder JSP - benutzt nicht die CGI-Schnittstelle, sondern ist in den Server integriert.
Das ist ja gerade der wesentliche Unterschied und Vorteil dieser Techniken gegenüber CGI.
Es gibt beide Moeglichkeiten (wie Du selbst anmerkst), in der Regel wird man allerdings die letztere nutzen.
Peter