Hallo Stefan,
auf einigen Servern ist die Anzeige von Dateien, die mit . anfangen, deaktiviert (z.B. bei Cobalt Raqs). Wenn Du eine neue, veränderte .htaccess hochlädst, überschreibt sie trotzdem die alte. Wenn Du nur löschen willst, bleibt Dir nur Telnet, soweit ich weiß.
Viele Grüße
Stephan