Und was, wenn es beim Einloggen Fehlermeldungen gibt? Und wenn die hochgeladenen Grafiken im Browser nicht dargestellt werden? Und wenn man den Tip bekommt, ein CGI-Script auf 755 zu setzen?
Hm, wenn es um die Bedienung eines FTP-Client geht, dann hängt das doch sehr vom verwendeten FTP-Client ab.
Ich würde Deine Anfrage also aufteilen:
a) Welcher FTP-Client wird empfohlen?
b) Wo gibt es zu diesem ein vernünftiges Benutzerhandbuch? (Falls seine Online-Hilfe nicht ausreichen sollte.)
Ob ein FTP-Client "chmod" über einen graphischen Dialog anbietet oder man syntaktisch korrekte shell-Kommandos in irgend eine Commandline tippen muß, das ist halt zweifellos produktspezifisch.
Ein Teil Deiner Anfrage war aber client-unspezifisch (etwa die Diskussion über ASCII bzw. Binär-Modus beim Transfer von Graphiken bzw. Perl-Skripts) - dafür wird es sicherlich separate Dokus über das allgemeine Verhalten von FTP (bzw. die Probleme verschiedener Betriebssystem-Plattformen, die hier hineinspielen und gar nicht unbedingt FTP-spezifisch sind) geben.