Hallo,
Soweit ich weiß, Läuft das Perlscript in dem Ordner, welches als Virtuelles Verzeichnis angegeben wurde. Daher kann es sein, daß wenn Deine Scripts im URL '/cgi-bin' liegen, welches ein physikalischer Unterordner von '/' ist, daß das script quasi auch in '/' ausgeführt wird.
Testen kannst Du es einfach, in dem Du irgendwie überprüfst, in welchem Verzeichnis Dein Script gerade läuft. Vielleicht gibt Du einfach mal den Inhalt des Verzeichnisses aus, dann siehst Du ja, wo Du bist.
Als Abhilfe kannst Du z.B. ein weiteres virtuelles Verzeichnis definieren, Damit die Scripts dann auuch wirklich im Scripts-Ordner ausgeführt werden.
Grüße
Klaus