Hi Du,
leider ist nicht ganz klar, wie / von welchem Fenster aus die Popups aufgemacht werden. Ich gehe mal von folgendem aus: Beide Popups werden von ein und demselben (dem "normalen") Browserfenster aus aufgemacht.
Dann kannst Du Dich folgenderweise aus einem Popup auf das andere beziehen:
opener.OBJEKTNAMEdESaNDERENpOPUPS.VARIABLEiMaNDERENpOPUP = WERT;
Mirko