Moin,
dass das Script im Dos-Fenster ausgefuehrt wird ist auch richtig so. Der Apache ist ein HTTP-Server und fuehrt deshalb auch nur die Scripts "im Browserfenster" aus, die auch vom Browser angeforert werden. Versuch mal, dein Script ueber http://localhost/cgi-bin/script.cgi aufzurufen, das sollte eigentlich funktionieren.
Gruß
Stephan