Hallo,
Ich bin mir nicht ganz sicher, ob ich dein Problem ganz verstanden habe. Eine Seite die SSI enthält hat ja die Endung *.shtml. Wenn Du in dieser Seite eine Datei einbinden willst, die wiederum includes enthält, dann muss diese auch so heissen (sah bei dir nicht so aus). Allerdings weiss ich nicht, ob das generell möglich ist rekursiv mehrere includes zu verwenden.
Wenn Du nicht sicher bist, ob er die Dateien an der richtigen Stelle sucht, dann gib die Angaben doch absolut zur Domain-Root an, also <!--#include virtual="/das/was/da/rein/soll.shtml" -->
Viele Grüße
Philipp