Deine internen Verweise sollten immer noch gehen, wenn du sie nach deinem notiertem schema geschrieben hast
<a href="#interne_verweise">
Es sein den du hast die datei selbst in irgendweiner form mitreferenziert, z.b.
<a href="irgendeine_html_datei.htm#mein_anker">
in dem Fall wurde ich ein Tool empfehlen das dateiübergreifendes Ersetzen beherrscht, wie z.b. der Phase5 HTML-Editor (Freeware unter http://www.meybom.de) und alle Endungen .htm (oder .html) durch .php3 ersetzen lassen.
gruss
Curt