Das bedeutet, daß du anscheinend von $alt nach $neu die Zeilenumbrüche rausgenommen hast, da file() sie mit einliest.
öhm...und wie? file() speichert doch die datei in einem array, und jede zeile kriegt ein eigenes feld. Die Bearbeitung sieht nur so aus: $alt[0]=$alt[0]+1;