Hallo Tobias,
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Diese Zeile schaltet den IE6 in den "Standards-compliant Mode". Dadurch werden die offiziell festgelegten HTML-Standards stärker als bisher beachtet. Dinge, die wie die farbigen Scrollbalken in keinem Standard zu finden sind, werden ignoriert.
Diese Zeile steht normalerweise in der aller ersten Zeile einer HTML-Datei. Wenn Du nun den Kommentar in der ersten Zeile einfügst, so scheint der IE6 diesen Doctype-Schalter nicht mehr zu finden und bleibt im "Quirks-Mode".
Lange Rede kurzer Sinn: Wenn die farbigen Scrollbalken nicht so sehen sind, so werden HTML- und CSS-Code richtig interpretiert ;-)
Viele Grüße
Carsten