mod_rewrite funktioniert auch mit .htaccess, sofern freigeschaltet. Andere Möglichkeiten, den Apache-Zugriff von robots.txt auf ein Skript umzulenken, gibt es AFAIK nicht.
http://httpd.apache.org/docs/mod/core.html#errordocument (404)
&& http://httpd.apache.org/docs/mod/mod_cgi.html
-> http://httpd.apache.org/docs/custom-error.html