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Hallo,
sicher, Stefan? Ich hatte das Problem jetzt vermutlich etwas anders verstanden: Ein Anker auf - was weiß ich - "navi". Wenn jetzt zwei Links auf ...#navi gesetzt werden, dann dürfte der Effekt auch bei Dir auftreten (oder verwaltet der Browser wirklich jeden Link getrennt?).
Aber nun zur Lösung: Vielleicht klappt es, wenn Du die zustände der Links jeweils getrennt per CSS definierst.
Grüße aus Würzburg
Julian