wenn du *.php dateien includest machst du das am besten so:
if ( eregi("config.php", $PHP_SELF) )
{
Header ( "Location: index.php" );
die();
}
das packst du in deine zb. config.php ganz oben hin .. für andere dateien muss das natürlich anders heißen ;)
und wenn du keine php dateien includest, sonder templates oder inc oä. dann hilft dir nur htaccess .. :(