Hi,
Zuerst habe ich vermutet, daß es am Boxmodel-Problem des IE liegt, bis ich die Seite dann auch mal durch den Validator gejagt habe. Ähem.
Also habe ich mir nochmal Deinen CSS-Code angeschaut. Und mir ist aufgefallen, daß Du zwar all Deine divs zum Positionieren (Wozu sind #layout1 und layout3 gut?) absolut anordnest, aaaber keine Positionsabgaben im Sinne von top oder left angibst.
Wie es schon in Selfhtml so schön steht:
"Die Angabe position: legt noch nicht fest, wo genau ein Element beginnen soll. Die Angabe macht nur Sinn, wenn Sie zugleich die gewünschte Startposition angeben."
http://selfhtml.teamone.de/css/eigenschaften/positionierung.htm#position
Ich vermute der Internet Explorer ist mal wieder zu eifrig am interpretieren.
Grüße, Tim