<!--#include virtual="/includes/nav.shtml"-->
referenziert die im Unterverzeichnis includes liegende Datei nav.shtml, die so aussieht
Bei /includes/nav.shtml liegt nav.shtml zwar im Verzeichnis includes, aber falls Du meinst, mit /includes ein Unterverzeichnis der aktuellen Datei anzusprechen, bist Du auf dem Holzweg; / ist das alleroberste Oberverzeichnis des Systems. Du möchtest wahrscheinlich lieber includes/nav.shtml haben.
Gruß,
soenk.e