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Hallo Tobi,
Die Funktion is_dir und Rekursion sind Deine Freunde. Zu Rekursion kannst Du Dir auch mal http://aktuell.de.selfhtml.org/artikel/phpasp/php-forum/#a3 anschauen, da ist das recht gut erklärt. (obwohl in einem anderen Kontext)
Nachtrag: Wenn Du nur Links auf die Unterverzeichnisse haben willst, dann kannst Du auch nur is_dir verwenden.
Grüße,
Christian