Hallo,
wenn ich das richtig einschätze, dann guck mal unter dem Stichwort "opener" nach. Das bezeichnet das Fenster, das dein PopUp geöffnet hat.
Mit der Sequenz
opener.document.location.href=xxx;
self.close();
opener.focus();
kannst du also das Index-Fenster neu laden, das PopUp schließen und mit dem Hauptfenster weitermachen..,