Hallo Horst,
Du könntest zuerst die Dateiinhalte in ein Array einlesen: @Array[$Zaehler], wobei @Array[0] die "Spaltenüberschriften" hält.
Dann könnte man das Array in eine dritte Datei ausgeben.
Geht mit Perl m.E. besser als mit anderen Sprachen.
Gruss,
Lude