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Hallo Oliver!
History.go(x) wirkt sich nur auf den Frame aus, von dem es aufgerufen wird.
Die anderen Frames bleiben stehen (war zumindest bei mir im IE6 so).
Allerdings: Wenn du eine Position in der History anspringst, der nicht in diesem Frame dargestellt wurde, so führt dies zu "unberechenbaren" Ergebnissen.
Wichtig auch:
CGI erzeugt neuen History Eintrag
innerHTML erzeugt keinen neuen Eintrag
Interessant könnte für dich in diesem Zusammenhang auch die Befehle document.location.href und document.location.replace sein.
Die beiden sind u.U. hilfreich ;)
Viel Glück,
Richard