Hi,
ich empfehle da 'Code Complete' von Steve McConnell[1] als Lektuere. Es beantwortet auch Fragen die Du dir erst spaeter stellen wirst schon.
Generell kann man sagen, das Konsistenz sehr Wichtig ist. Sowohl Kommentare als auch Variablen und Funktionsnamen sollten durchgehend einsprachig gehalten sein.
Es gibt Programme, die dir aus deinem Quellcode und den darin enthalten Kommentaren, automatisch eine API-Referenz erstellen (javadoc, PHPDoc).