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Ein Chat ist nicht mal so zu unterschätzen - hole dir einen fertigen und beginne doch mit einfacheren Sachen... dann wirst du die Sachen und Beziehungen selbst verstehen. Zur Veranschaulichung nochmals:
Wir haben einen Client mit einem Browser der eine Ressource mit dem URL anfordert.
Wir haben einen Server, der für PHP konfiguriert ist (=PHP ausführen kann).
Der Client kontaktiert nun den Server und fordert eine Ressource an - der Server holt nun die zugehörige Datei und zieht sie durch seinen PHP-Interpreter, dabei führt er alle PHP-Befehle drin aus - HTML-Tags sind ihm dort egal. Nach diesem "Durchziehen"/Parsen entsteht eine Datei ohne PHP-Code-Anweisungen. Diese wird an den Browser gesendet, wo lokal die ganzen JavaScript-Geschichten usw. ausgeführt werden.
Zum Zeitpunkt der Ausführung von PHP ist der Browser und seine Arbeit noch in weiter Ferne. Wenn der Browser aber das JavaScript etc. ausführt, ist die PHP-Verarbeitung längst Vergangenheit.
HTH
Phoneuz