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Hallo Marko,
Du kannst von JS aus direkt öffentliche Methoden des Javaapplets aufrufen, wenn Du beim Applettag noch mayscript="mayscript" angibst.
(Ich weiß nicht, ob der IE das überhaupt braucht, aber bei NN4 war das mal so)
Damit kannst Du dem Applett jedes JS-Objekt übergeben. Wenn Du dann gleich mit MSXML geparst hast, kannst Du Dir die Verwendung von Xalan auch schenken.
Du solltest allerdings an jede Datei, an die Du mit JS ran kommst auch mit Java ran kommen können. Von daher kannst Du die Datei vermutlich auch gleich im Applett einlesen und erreichst damit etwas mehr Unabhängigkeit vom Browser
Grüße
Daniel