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height: 100%; bewirkt in einigen Browsern eben nicht, dass die Höhe 100% des SEITENINHALTS ist, sondern 100% des Bildschirms. Beim Scrollen wird der Rest dann abgeschnitten oder, bei absolut positionierten Elementen, der Hintergrund hört einfach auf. Das habe ich zu meinem Leidwesen selbst schon öfter versucht ;-)
Wahrscheinlich geht es vor allem darum, dass der Hintergrund beider Spalten bis unten durchgeht, da der Inhalt ja selten gleich lang sein wird. Andere Webseiten, bei den ich mir den Quelltext angesehen habe, lösen das so: Die Seite bekommt insgesamt einen Hintergrund zugewiesen, der für beide Spalten unterschiedliche Farben oder Muster hat. Dann werden die Navigationselemente einfach darauf gesetzt. (z.B. die Opera-Community) Ist zwar nicht elegant, aber es scheint sonst kaum kompatible Lösungen zu geben.