Moin,
du bist dem Missverständnis aufgesessen ,das man die Variablennamen wie mytop einfach in den window.open Aufruf einsetzen kann. Du musst aber erstmal klarmachen, das es sich dabei um Variablen(-inhalte) und nicht um Text handelt.
var myleft=screen.width/2;
var mytop=screen.height/2;
window.open("wait.php", "getcode"," toolbar=0,location=0,directories=0,status=0,menubar=0,scrollbars=0,resizeable=0,width=300,height=150,top=" + mytop + ",left=" + myleft+ "'");
siehe auch hier : http://developer.irt.org/script/window.htm
cu mipu