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new XML_Tree(); unterstützt offensichtlich nur eine versionsangabe.
bei ->addRoot() bist du wohl an der falschen stelle.
wenn ein blick in die doku keine info liefert, würde ich mal ein print_r auf das xml objekt machen, und schauen was da so steht.
notfalls kann man dann ja die versionangaben selber um die encoding info ergänzen.