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Mein aktueller Workaround sieht nun so aus, dass ich das PDF zusätzlich über JavaScript öffne:
<a href="../../pdf/aachenerland.pdf" class="icontext" onClick:"javascript:document.open('aachenerland.pdf,'console','menubar,toolbar,location,resizable');">
Also dieser Workaround funktioniert auch nicht. Es war scheinbar Zufall, dass der IE seine Macke gerade in dem Moment nicht mehr hatte, als ich das javascript eingebaut habe.
Noch eine Zusatzinformation: Es scheint ein unterschied zu sein, ob man die Dateien von Festplatte / Netzlaufwerk oder von CD öffnet. Im letzteren Fall habe ich javascript-Fehler, die vorher nicht aufgetreten sind.