Hallo Elya,
Beim Einrichten der POP-Postfächer gibt es genau eine Möglichkeit - nämlich beim Einrichten - ein Passwort zu setzen, und dieses über den sogenannten Passwortmanager zu speichern.
Nur nebenbei: Mail.app speichert Passwörter ganz normal im MacOS X Schlüsselbund. ;)
Tim