Also soll ich besser weiterhin das Grunddesign meiner Website mit Tabellen machen?
Nein. Weder mit Tabellen, noch mit <div>s sondern mit CSS und semantischem markup. D.h. Divs dahin, wo sie hingehören (nämlich um Seitenbereiche zu trennen, und da bitte sparsam eingesetzt!) und Tabellen dahin, wo sie hingehören, nämlich um tabellarische Daten darzustellen.
Eine ganz gute Seite in Bezug auf den Quelltext ist meiner Ansicht nach http://erweiterungen.de/ - Da sind für's Design nur relativ wenige <div>s benuzt worden und sonst ist alles (bis auf die Google-Werbung) valides und größtenteils schön strukturiertes html.