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Heisst das, dass man im CGI-Modus keine auto_prepend_file einsetzen kann ?
Ein CGI-Programm interessiert sich nicht für die Apache-Konfiguration und der Apache kennt die Parameter des CGIs nicht.
Die PHP.ini gilt ja fuer alle Domains und ist deshalb auch nicht zu gebrauchen.
Das würde ich so pauschal nicht behaupten. Unterm IIS zumindest kann man für jede "Web Site" zum einen extra sagen welches CGI verwendet werden soll und zum anderen wird dann die php.ini aus dem "Home Directory" verwendet.
Das auf den Apachen übertragen nehme ich an, könntest du auf diese Art und Weise auf Erfolg haben.
Sprich: Wenn nicht sogar als Aufrufparameter, so zumindest beim Kompilieren sollte man den Pfad zur php.ini angeben können.