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Benutz statt exec() mal lieber system()
übrigens, für das erstellen eines verzeichnisses und die rechteänderung würde ich keinesfalls system() oder exec() benutzen, nimm stattdessen lieber die perl eigene syntax. Für das kopieren hat perl leider nix im Programm, aber da würde ich Dir File::Copy empfehlen.
mkdir "./bleh/foobar";
system("cp ./do.pl ./bleh/foobar");
chmod 777, "./bleh/foobar";
system("touch ./bleh/foobar/file.txt");
chmod 755, "./bleh/foobar/file.txt";
Wie gesagt, für das kopieren empfehle ich aber File::Copy, Doku gibts auf cpan.
Solltest Du wegen Verzeichniserstellung ein Rechteproblem haben hast Du 'ne Info im error_log vom apache.
Grundsätzlich bin ich kein Fan von exec() oder system() denn dadurch wird das Script plattformabhängig!