Grössten gemeinsamen Teilstring aus 2 Strings?

[Biesterfeld]

Hej Lulu,

Die ist natürlich erwartungsgemäß bei längeren Zeichenketten hoffnungslos überfordert, und braucht dann gerne mal ein paar Sekunden.

Auch wenn es wahrscheinlich nicht von allgemeinem Interesse ist, aber wie schon erwähnt kann das ein elementares Problem der Bioinformatik sein.

<exkurs>

Die Idee ist DNA-Sequenzen im Detail zu vergleichen. Das Dogma der Molekulargenetik besagt, dass eine DNA-Sequenz in eine RNA-Sequenz und schließlich in eine Proteinsequenz übersetzt wird. Proteine sind von sehr großem Interesse in der Biologie, weil jedes eine Funktion hat die letztendlich in ihrer Gesamtheit über die Funktion der Zelle/des Organismus verantwortlich ist.

Nun erfindet die Natur das Rad nicht immer wieder neu, bzw. ist das eine Kernaussage der Evolutionstheorie, dass sich Verwandschaftsverhältnisse von eineinader ableiten. Der Überträger dieser Information ist die DNA.

Weil es nun sehr aufwendig sein kann jedem Protein eine Funktion zuzuordnen (da stecken z.T. ganze Mannjahre an Laborarbeite dahinter), ist die Idee der Bioinformatik, eine unbekannte DNA-Sequenz, die für das untersuchte Protein verantwortlich ist, mit der einer bekannten Sequenz (und eines bekannten Proteins) zu vergleichen.

Art und der Grad der Homologie können Aufschluss geben. Das Problem ist allerdings insofern komplex, als dass

* ein Protein gerne durch bis zu 1000 DNA Buchtaben (A C T G) kodiert wird
    (und noch darüberhinaus)
  * die Evolution nicht vorgegeben hat, dass verwandte Homologien lückenlos
    sein müssen oder keine Substitutionen enthalten dürfen
  * die vorhandenen Lücken/Substitutionen in Abhängigkeit verschiedener
    Parameter unterschiedliche Wirkung auf die Funktion haben können (von
    vollkommen irrelevant, über geringfügige Funktionsänderung oder
    Funktionsverlust, zu total anderer Funktion)
  * Die Sequenz mit einer inzwischen _sehr_ großen Datenbank abgeglichen
    werden muss

Den geneigten Leser verweise ich auf Wikipedia, Stichwort: Sequenz-Alignment

</exkurs>

Beste Grüße
Biesterfeld