Hi Chris,
Google kann auf keinen Fall den mod_rewrite erkennen. Google funktioniert eigentlich auch genau wie ein Browser, er gibt eine URL ein, kriegt HTML Code zurück und macht dann etwas damit. Allerdings ist Google auch ein Spider und durchsucht jede Ecke von deinem Webspace. Was passiert denn z.B., wenn man einfach mal www.deinedomain.de eingibt? Wird mann da auf ein PHP Script umgeleitet, oder auf eine bereits mod_rewritete URL? Und was ist mit den Links, die du in deinen Webseiten gesetzt hast? Sind es direkte Links auf ein PHP Skript oder hast du sie alle gemäß deinen mod_rewrite Regeln umgearbeitet? Wenn es irgendwo eine Lücke gibt, findet Google das! Es muss alles Wasserdicht sein, dann hat auch Google keine Chance.
Gruß,
Cruz