Nach viel rumgeoogle habe ich die Lösung gefunden, einen Eintrag in Confixx:
php_admin_flag safe_mode Off
php_admin_value safe_mode_exec_dir /home/www/empty/
der für alle verwendet werden muss, bzw. extra hinzugefügt werden muss, da ansonsten safe_mode local immer auf on steht.
wie müsste wohl der äquivalente Eintrag zum abschalten des open_basedir lauten?