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Hiho,
soweit ich weiss ist md5 ein fester hash-Algorithmus der nicht von irgendwelchen äußerungen Bedingungen abhängt, sondern immer gleich berechnet wird (sonst würden so Dinge wie md5 Prüfsummen für Dateien ja auch vollkommen hinfällig werden). Sicher das sich nicht die Eingaben bei deinem Problem unterscheiden (vielleicht noch ein unsichtbares Zeichen oder so).
Teste es doch mal ganz einfach. Mach mal ein
<?php
md5("test");
?>
und das äquivalent dazu in Java/JSP. Da kannste ja erkennen ob sich da was unterscheidet oder nicht (wie gesagt, meiner Meinung nach darf sich da eigentlich nichts unterscheiden).
Marc