Hallo Mark!
es könnte sein, dass der FTP-Server aus Sicherheitsgründen bei deinem Hoster von einem anderen Benutzer als der Webserver ausgeführt wird.
Guck doch mal in deinem FTP Programm die/dem Eigentümer nach, jeweils von den Dateien, die per PHP erstellt wurden und von denen, die vom FTP-Server angelegt wurden.
Sollte es Unterschiede geben, so musst du entweder den Dateibesitzer per FTP anpassen, oder du gibst den Dateien schreibrechte für alle Benutzer.
MfG
Primus