Meine bisherigen Stylesheets hab ich auch immer in den Header eingefügt, nachdem ich gemerkt hab dass es mit Stylesheets nich funktioniert.
Kann es sein, das du .css-Dateien ungewollter Weise als Binär auf den Server lädst? Das würde dein problem erklären. Denn das ein Hoster einzelne Dateierweiterungen sperrt, halte ich für sehr abwegig.