Divi: Datei verschwindet

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Hey Leute
Hab ein Formular zum Dateiupload gebaut... Dieses Formular hat drei Felder mit den Namen File1, File2, File1.
Wenn ich mir die Variable $_FILES auslese, so bekomm ich auch alle drei nach dem Upload angezeigt. Jetzt das Problem:

Weil ich erlauben will, dass man zwei gleichnamige Dateien hochläd und die Dateien dennoch online ihre Namen behalten, pack ich die in durchnummerierte Unterordner. Damit hätte ich dann...

d/1/File1
d/2/File2
d/3/File1

... zumindest auf Dateisystem-Ebene, denn: Wenn ich mit einem Filebrowser (wie WindowsExplorer) in das Verzeichnis schaue, ist die Datei vorhanden, wenn ich allerdings via PHP alle Verzeichnisse auslese, dann erhalte ich:

d/1/File1
d/2/File2
d/3/

Alle gleichnamigen Dateien verschwinden, wenn sie wiederholt werden für PHP (wobei ich in den Ordner 3 komme, nur die Datei nicht sehe).

Wenn ich nun via Konsole ein TOUCH auf mache und eine neue Datei erstelle, so erscheint im PHP-Script meine zweite File1 Datei und meine neue Datei im Ordner 3. Da dachte ich mir - ok ... dann mach ich via PHP-Script ein TOUCH auf d/3/File1, damit der bemerkt, dass der Ordner sich geändert hat, aber nichts passierte.

Ein Freund hat mir den Tipp gegeben clearstatcache zu verwenden, aber auch das hat nicht geklappt ...

Hat noch jemand eine Idee wie ich diese Datei finden kann, ohne mir den Pfad wegspeichern zu müssen? Irgendwie muss PHP doch realisieren können, dass da ne neue Datei liegt.