JavaScript, DOM und zwei Fenster

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Eine sehr ausführliche und anschauliche "Problembeschreibung", da blickt man schnell durch.
Ich habe zwar nicht die gewünschte Lösung, aber warum bindest du die "MeinScript.js" nicht einfach nochmal im HTML des Popupfensters ein und passt die dortigen Funktionen dahingehend an, dass sie den Richtigen Frame adressieren?