Hallo David
Es könnte sein, dass noch versteckte Dateien in dem Ordner übriggeblieben sind. Unter Unix/Linux werden Dateien die mit einem Punkt (.) beginnen standardmäßig nicht angezeigt. Bei meinem FTP-Programm gibt es die Möglichkeit, sich diese Dateien anzeigen zu lassen (Standardmäßig ist diese Option erstmal ausgeschaltet). Schau mal in der Dokumentation von deinem FTP-Programm nach.
liebe Grüße
mbr
P.S.: Ich benutze übrigens FileZilla als FTP-Programm