Wie kann ich das unterbinden und die Seitenaktualisierung des
Browsers wirklich abwartet, bis das Java-Programm fertig ist?
HTTP kennt den Statuscode "102 Processing"
http://de.wikipedia.org/wiki/HTTP#HTTP-Statuscodes
Wie du jetzt von deinem Java-Programm dem Server sagen kannst, er solle doch bitte dem Client einen 102er senden, weiß ich nicht.