Supervielen Dank für die ausführlichen Hinweise.
Daraus ergibt sich jetzt tatsächlich das die Datei in UTF-16 (was ja den Codepoints der Unicode-Zeichen entspricht) vorliegt. Und da perl UCS2 kennt kann dies dann mit:
$data=encode("utf-8", decode("ucs2", $data));
umgewandelt werden. Und die neue Datei ist laut Hex-Editor vollkommend korrekt erzeugt.
Nochmals vielen Dank.