Hallo,
bin erst Anfänger, aber ähnliche Probleme habe ich schon erledigen müssen.
Kommt drauf an, was Du da wie gesteuert haben möchtest, denke ich.
Hatte z.B. zwei animierte swf. Dateien, die ich dann in eine geändert habe, und dann diese als object in html eingebunden habe, das einzige, was ich dann noch ausrichten musste, habe ich mit align bewerkstelligt.
Vielleicht hilft Dir das sogar schon?
Ich würde mal googeln wegen den Verweisen, denn da gibts es sicher auch wieder verschiedene Methoden, wie Du das schaffen kannst, könnte mir vorstellen, dass es mit Java sicherlich geht.
Gruß, Znol