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Hallo,
ich verstehe deine Frage nicht. document.write() und innerHTML bzw. DOM-Manipulationen sind fundamental für andere Zwecke geeignet.
this.setPixel = function(divID,x,y,colour) {
Das lässt mich vermuten, dass du einen instantiierten Prototyp hast, deren Methoden du zu irgendeinem Zeitpunkt aufrufst. Solange du innerHTML oder createElement/appendChild verwendest, geht das auch.
Wenn du document.write() verwendest, musst du auf jede Event-Steuerung verzichten. Dann kannst du die Methoden nur in einem script-Element im body-Element aufrufen, der während des Ladens ausgeführt wird und eben an diese Stelle ein Element schreibt.
Solange du alle Methoden nur beim Laden des Dokuments im body aufrufst und diese dann tausende div-Elemente schreiben, so spricht nichts gegen document.write. Wenn du nach dem Laden aber irgendetwas zeichnen willst, so funktioniert document.write nicht.
Mathias
JürgenB