Hallo Markus!
Da Du uns den kompletten Quellcode vorenthälst, kann ich nur raten. Und zwar dies: Es sieht für mich aus, als ob die <li> nicht mehr im Fluss stehen. Irgendwie solltest Du mit clear: right oder ähnlichem arbeiten. Das ganze kann ich aber nur raten.
Schönen Gruß
Afra