Wenn ich dich recht verstehe, dann köntest du die Ausgabe nicht direkt als HTML-Code in die Seite schreiben, sondern mit PHP solche JavaScript-Funktionen generieren, die du dann später dynamisch aufrufst:
<?php
echo "<script type=\"text/javascript\">";
echo "function a() {";
echo "document.write('Text...');";
echo "}";
echo "</script>";
?>