Am besten ist es, wenn du von einem bestehenden Skin ausgehst und dessen CSS bzw. XHTML modifizierst. Bei MediaWiki zum Beispiel findest du die Dateien im skin-Unterordner der Installation, die einzelnen Skins verteilen sich wiederum auf Unterordner. Du solltest aber, bevor du den Skin modifizierst, ein Backup erstellen oder den Skin duplizieren.