open (FILE, ">>$file") || die "unable to write $file!!!!!\n";
Damit ('>>$file') wir eine Datei zum Anhängen von Daten geöffnet, d.h. an den alten Dateiinhalte wird ein weitere angehängt (bestest Beispiel ist ein Log-File).
Was möchtest du denn erreichen, eine leere Datei? Dann würde ich es mit
open (FILE, ">$file") || die "unable to write $file!!!!!\n";
close FILE;
versuchen. Dies erzeugt eine leere Datei in der nichts drin steht bzw. überschreibt die alten Daten.