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Es ist ne Weile her dass ich mich damit befasst habe, aber damals war es so dass der Browser, wenn man einen Link anklickt, alle animierten Gifs stoppte. Mindestens das Gif auf dass man klickt. Das stört auch nicht weiter, da ja normalerweise nach dem klick eine neue HTML-Seite geladen wird und dann ist es wieder in dem Zustand in dem animierte Gifs abgespielt werden.
Da es bei dir nicht so ist vermute ich dass die Seite, in der das Gif eingebunden ist, nicht neu geladen wurde. Benutzt Du Frames? Oder AJAX? Sonst wüsste ich nicht warum der Browser sich so verhällt.
Da es sich ja um einen hover-Effekt handelt: Wenn Du wiederholt über den Link fährst, ohne zu klicken, dann klappt es jedesmal?
Falls wir es nicht mit Frames oder AJAX zu tun haben:
Was auch sein kann...
Du schreibst wenn man über den Link fährt soll die Animation 1x laufen. Wenn man also weiter mit der Maus auf dem link bleibt soll sie sich nicht wieerholen. Sie läuft also 1x ab, das Gif ist so erstellt. Keine endlose Wiederholung, nur einmal.
Wenn Du erneut drüber fährst ist sie also 1x gelaufen. So hast Du es ja eingestellt.
Aber wenn ich mich richtig erinnere beginnt er die Grafik beim hover-Effekt als neu "geladen" anzusehen und speitl sie jedesmal erneut ab, als wäre es das erste mal. Aber da bin ich mir gerade nicht sicher.
Wenn das so ist, dann hilft es vielleicht wenn Du das Gif Endlos ablaufen lässt, und beim letzten Frame eine Pause einbaust. Also das letzet Frame 1 Sekunde (oder 3) lang anzeigen lässt. Kein User verweilt 3 Sekunden mit der Maus auf einem Link, wenn doch ^^ sieht dieser ungewöhnliche User die Animation erneut.
Vielleicht klappt es ja so.
Hast Du schonmal getestet was passiert wenn Du ein endlos ablaufendes Gif verwendest, was dann passiert, nach dem Klick?
Gruß